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基于SCI-EXPANDED对植物蛋白质组织学文献计量分析

添加时间:2014-08-02 21:31:29   浏览:次   作者:www.dxlwwang.com
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随着拟南芥(Arahidop.si.s}haZvaua)、水稻(Orryza .sattira)、杨树(Po pulus trichocarpa)等模式植物全基因组测序的完成及其基因组学研究的不断深入,蛋白质组学己成为后基因组时代的重要研究领域。近年来,各种植物组织器官在不同阶段的蛋白质表达谱分析和响应不同环境因子的差异表达蛋白质组研究被大量报道。目前植物蛋白质组学研究主要以拟南芥和水稻为主,涉及到结构蛋白质组学、亚细胞蛋白质组学、植物响应胁迫蛋白质组学、翻译后修饰蛋白质组学和蛋白质相互作用等多个方面。
为此,笔者利用文献计量学的方法,对1999-2012年间SC1-EXPANDED数据库所收录的植物蛋白质组学相关文献进行分析,旨在从科研文献产出的角度揭示植物蛋白质组学研究的发展状况,以期为我国蛋白质组学研究者的研究方向和发表文章提供参考。


1资料与方法


1.1资料来源 

资料来源于SC1-,EXPANDED数据库。该库是美国科学引文索引》(Science Citation lndex,简称SCl)的网络版,早在纸质时代便有非常高的声望,其创始人Garfield于1955年在俱cience》发表论文,提出将引文索引作为一种新的文献检索与分类工具,创办了1S1 ( lnstutute of Scientificlnformafion,现归属于汤森路透公司),从1961年起公开出版发行SCl。自此以来,利用SCl进行科学研究和期刊评价己成为III_界学术界公认的重要方法之一。发表的学术论文被SCl收录或引用的数量,己被!日_界上许多高校及科研单位作为评价学术水平的一个重要标准。目前,SC1-EXPANDED数据库的检索平台为Web of Knowledge。


1. 2检索方法和数据处理  

 

登录Web of Knowledge检索平台,勾选SC1},XPANDED数据库,以“proteom*  and (plant orrice or Arabi 2结果与分析。


2.1文献总体情况分析 

 

1999-2012年,SC1-EXPANDED数据库共收录植物蛋白质组学相关文献4 259篇。在2002年之前,每年发文量在100篇以内;2003年起,基本每3年发文量翻1番;至2011年,发文量达到682篇,是2003年的4. 3倍。文献类刑以学术论文(79. 8%)为主,其次为综述}16. 2% )、会议论文(4. 1% )、会议摘要(2. 7%)和其他(2. 8%)。


2. 2各国发文和被引情况分析  

 

美国共计发文1 072篇,占全部文献量的25.2%,其次为德国(548篇,12.9 % )、中国(不包括中国台湾省,531篇,12.5%)、法国(420篇,9.9%) ,日本(394篇,9.3%)、英国(312篇,7.3%) ,澳大利亚(225篇,5.3%)、意大利(199篇,4.7%)、韩国(192篇,4. 5%)和西班牙(192篇,4.5%),其余文献分布于其他73个国家。总被引频次居前3位的是美国(32 633次)、德国(15 377次)和中国(5 794次)。在总被引频次排名前10位的国家中,英国的篇均被引频次最高(42.38次),其次为法国(32. 61次),中国排名第10位(10. 91次)。


2. 3不同机构发文和被引情况分析 

 

文献发表量居前10位的机构分别来自中国、法国、美国、澳大利亚、日本、西班牙和德国。其中排名前3位的机构分别为中国科学院(149篇)、法国1N RA (126篇)和美国康奈尔大学(87篇);此外,美国还有2所机构发文量也位居前10位,即密苏里州大学和美国农业部ARS(分别列第7,8位)。在居前10位的研究机构中,大学占3位。文献总被引频次排名第1位的机构是美国康奈尔大学(总被引频次5 854,篇均被引频次67.29) ,其总被引频次和篇均被引频次均远高于其他研究机构;排名为2 -- 4位的机构分别为法国1N RA(总被引频次3 839,篇均被引频次30. 47 )、西澳大利亚大学(总被引频次3 200,篇均被引频次40.00)和中国科学院(总被引频次2 755,篇均被引频次18.49)。


2. 4不同作者发文和被引情况  

 

文献发表量居前10位(含并列)的作者中,澳大利亚占3位,日本、美国、法国各2位,尼泊尔、卢森堡、韩国、中国、瑞士、德国各占1位。发文量居前3位的研究者分别为日本l}omatsu S (107篇)、澳大利亚Millar A H (60篇)和日本Rakwal R (41篇)。文献总被引频次排名前10位的作者中,3位为澳大利亚的研究人员,分别为Millar A H,Heazlewood J L和Weckwerth W,其中西澳大利亚大学的Millar AH和Heazlewood JL的总被引频次居第1,3位,分别为2 846和2 004次。美国康奈尔大学van Wijk 1C J的总被引频次排名第2 (2 449次),其他Weckwerth W,Bagin-sky S,Joh D,Braun H P和Rossignol M 5位研究者的发文量和文章总被引频次均排在前10位。
对以上作者近年发表的相关文献进行重点分析,发现lomatsu S等致力于研究作物受到生物或非生物胁迫后的蛋白质组学研究,其中亚细胞蛋白质组学和分泌蛋白质组学研究成为其研究的重点 Millar等主要关注于植物线粒体蛋白质组学(以拟南芥为重点)的研究等的研究重点是拟南芥亚细胞蛋白质组学的研究vanWijk 1C J等着重于植物叶绿体蛋白质组学的研究。以上均为近期植物蛋白质组学研究领域的研究重点,值得关注。


2. 5文献来源分析 

 

在植物蛋白质组学文献发文量居前10位的期刊中,4种为蛋白质组学领域的重要期刊,分别为(Proteomi,) (404篇,1F2011=4. 505)、(Journal of ProteomeResearch ) (219篇,1F2011=5. 113)、《Journal of Proteomi,》(133篇,1F2011=4. 878)和《Molecular Cellular Proteomi,》(110篇,1H,2011 = 7. 398 ) ; 2种为重要的植物生理学期刊《Plant Physiology》和(Plant and Cell Physiology) , 2种为重要的植物学期刊《Plant Journal》和(]ournal of Experimental&tany),另外1种为电泳类期刊《Electrophoresis ),表明植物蛋白质组的电泳分离技术也是目前研究的热点。


2. 6我国文献情况分析


2. 6.1发文情况

 

1999-2012年,SC1},XPANDED数据库共收录来自我国的文献531篇。文献类刑依次为学术论文(486篇,91. 5 % )、综述(32篇,6. 0% )、会议摘要(12篇,2.3%)、会议论文(6篇,1. 1% ),其中242篇论文(45.6%)与其他37个国家合作发表。与我国合作发表文献量居前7位(含并列)的国家依次为美国(90篇)、德国(23篇)、加拿大和英国(13篇)、日本(11篇)、澳大利亚(10篇)、法国(8篇)、以色列(6篇),排第8位的有丹麦、新加坡、韩国和芬兰(各5篇),第9位是印度、意大利、菲律宾和捷克(各4篇),第10位的有比利时、巴基斯坦、斯洛伐克和瑞典(各3篇)。
合作机构主要为佛罗里达大学、加州大学旧金山分校、康奈尔大学、杜克大学、澳大利亚莫多克大学、德国波恩大学、美国田纳西大学和以色列农业研究组织。从发表论文的时间分析,我国开展植物蛋白质组学研究的起步较晚,2002年才开始发表第1篇SC1论文,之后发文量逐年增加,其中,2010年发文量76篇,2011年发文量137篇,2012年发文量135篇,近3年发文量占总量的61%。


2.6.2发文机构 

 

文献发表量居第1位的是中国科学院,该机构发表论文的总被引频次(2 755次)远高于其他研究机构,篇均被引频次(18.49次)排名第2。值得注意的是,清华大学文献发表量排第10位,但篇均被引频次排名第1位,且总被引频次排在第2位,远高于其他研究机构;居前10位的机构中(含并列),14家为高等院校。


2.6.3发文和被引情况

 

文献发表量居前10名的作者分别为中国科学院植物研究所沈!日_华(27篇)、中国科学院植物研究所工台(14篇)、中国科学院武汉植物园杨平仿(12篇)、中国科学院植物研究所陈惠(11篇)、东北林业大学工柏臣(10篇)、中国科学院北京基因组研究所刘斯奇(9篇)、中国科学院植物研究所秦国政(9篇)、华中农业大学邓秀新(9篇)、东北林业大学戴绍军(8篇)、中国科学院上海生命科学研究院孙卫宁等(7篇)、清华大学刘进(7篇)、北京大学朱玉贤(7篇)、首都师范大学何奕昆(6篇)、中国农业大学彭友良(6篇)、南京农业大学张炜(5篇)、河北师范大学郭毅(5篇)。文献总被引频次居前10位的作者见表。
排第1位的孙卫宁,其发表的1篇被引频次高达152次。上述作者中沈华和工台主要进行胁迫条件下及特定发育阶段的植物蛋白质组学研究,尤其在盐胁迫下的植物蛋白质组学方面开展了较多工作。孙卫宁等的研究重点是逆境条件下的水稻蛋白质组变化,刘进等专注于应用比较蛋白质组学分析冷胁迫及H, 0,处理后的水稻和棉花蛋白质组变化研究,杨平仿等主要从事植物不同发育阶段及逆境胁迫下的蛋白质组学研究,工柏臣等主要关注翻译后修饰蛋白质组学研究,刘斯奇等则在应用蛋白质组学技术分析杂交稻优势机理方面作出了重要贡献。上述均为近几年植物蛋白质组学研究领域的热点方向。


2. 6. 4文献期刊分布

 

我国植物蛋白质组学文献发文量居前10位的期刊分别为《Proteomics》 54篇、《Journal of Pro-teome Research 》36篇、《Molecular Cellular Proteomi,》23篇、《Journal of Integrative Plant Biology》17篇、《Journal ofExperimental Botany 》16篇、《Plants》15篇、《Plant Molec-ular Biology  Reporter》13篇、《Journal of Proteomi》12篇、《Plos One》12篇、《Journal of Plant Physiology》10篇、《Acts Physiologiae Plantarum》9篇、《Molecular BiologyReports 》9篇、(Physiologic Plantcrum) 9篇)。上述多为蛋白质组学、植物生理学和植物学方面的国际期刊。


2. 7植物蛋白质组学研究的学科分布


比较1999-2003 ,2004-2007和2008-2012年3个阶段发文的学科分布,发现植物科学、生物化学与分子生物学、生化研究方法方面的研究始终居于前3位,其他如生物技术应用微生物学、分析化学、细胞生物学、遗传学、生物物理学、农学、微生物学、食品科学技术、生物、园艺、应用化学等研究均较为靠前。尤其以逆境胁迫卜的植物蛋白质组变化方面的研究成果增加较多,由第1阶段的1篇,增加到第2阶段10篇,至2008 -2012年共发表35篇,植物响应环境胁迫蛋白质组学受到重视。


3结论


1999-2012年,SC1-EXPANDED数据库分析结果显示,近年来植物蛋白质组学所取得的研究成果日益增多。从植物蛋白质组提取方法和蛋白质鉴定方法的改进、从以模式植物为主体到重要农作物的扩展、从全细胞蛋白质组到亚细胞蛋白质组和翻译后修饰蛋白质组的分析,以及越来越多植物蛋白质组数据库的建立,植物蛋白质组学研究进入了快速的发展期。
从国家、机构和作者发文量、被引频次看,美国在植物蛋白质组学研究领域具有绝对的领先优势。近年来,我国在该领域的研究产出增氏迅速,但论文的篇均被引频次较低,说明论文质量还有待提高。近年来,应用比较蛋白质组学研究植物的抗逆机理以及翻译后修饰蛋白质组学等是植物蛋白质组学研究的热点。我国研究者也做了许多相关研究,但和国际同行相比,在数量和质量上仍有一定差距。
1999-2012年,植物蛋白质组学文献所涉及的学科己包括植物学、生物化学与分子生物学、遗传学、生物物理学、农学、微生物学、食品科学、园艺学等,表明各学科重视从蛋白质组水平来解析生物现象。
该研究利用文献计量学的方法,对近年来植物蛋白质组学相关文献进行了统计分析,反映了10年来世界和我国植物蛋白质组学研究的发展状况,以及在研究热点上我国和国际上其他国家之间的差距,对了解国际上植物蛋白质组学研究的发展现状,指导我国研究人员开展植物蛋白质组学研究,具有一定的意义。


参考文献
(略)

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